رساله‌يى در شبههء استلزام از أو در آخر « اجتماع امر و نهى » فقيه أعظم آقا سيد محمد كاظم يزدى بطبع رسيده است كه حاوي سئوال و جواب و مباحثاتى بين آقا حسين و صاحب ذخيره است از اين مناظرهء علمى برترى آقا حسين از صاحب ذخيره واضح است . وى بر شفا حواشي متعددى نوشته است بهترين حواشي حاشيهء ملا صدرا و تعليقات مير داماد است اگر چه تعليقات مير داماد بر شفا مختصر است ولى پر مغز و تحقيقى است . كلمات آقا حسين در مسائل نظرى قابل استفاده است . صاحب ذخيره و كفايه در « فقه » محقق سبزوارى از دانشمندان دوران آقا حسين خوانسارى و از دانشمندان طبقهء بعد مير فندرسكى و مير داماد است . اين دانشمند و محقق بر خلاف اظهار برخى أستاذ آقا حسين خوانسارى نيست . بلكه هردو در يك طبقه بشمار ميروند . صاحب ذخيره 1090 ، شاگرد شيخ بهائى و مجلسى أول و مير فندرسكى است . در اصفهان علاوه بر تدريس منقول حوزهء تدريس معقول نيز داشته است كه جمعى از اعلام از محضر أو استفاده مينمودند .

--> - آقا رضى فرزند كوچك آقا حسين صاحب رسالهء مبسوط در صوم گويا در أيام جوانى از دنيا رحلت نموده است . قبر أو در تخت‌پولاد اصفهان در جوار پدر و مادر و برادر بزرگ خود مىباشد . مقبرهء محقق خوانسارى در تخت‌پولاد معروف است به : تكيهء آقا حسين . در اين مقبره غيراز مخقق خوانسارى و آقا جمال و آقا رضى و زوجهء آقا حسين جمع كثيرى از فقها و مجتهدين و حكماى نامى مدفونند . يكى از تلاميذ برجستهء آقا حسين مرحوم ملا أولياء صاحب حواشي مبسوط بر شفا است كه در حواشي شفاى چاپ سنگى طهران با حواشي سيد احمد شاگرد آقا حسين بطبع رسيده است . اين سيد احمد از تلاميذ سيد داماد و از مدرسين علوم عقلي در شهر اصفهان بود . ما در تاريخ فلسفهء اسلامى از اين دو نفر اسم برده‌ايم و منتخباتى از أفكار آنها تهيه نموده‌ايم كه انشاء اللّه به همين زوديها از طبع خارج خواهد شد .